自由生活的纤毛虫类都是动物性营养,可以捕食其他原生动物、腹毛虫、轮虫等小型动物,也可以取食悬浮于水中的细菌、有机物颗粒,少数种类甚至以绿藻及硅藻为食。绝大多数纤毛虫都有取食的细胞器,例如胞口、胞咽、纤毛等,只有极少数种类取食的细胞器又次生性的退化。纤毛虫类的取食结构在不同的种类有很大的变化,其复杂的程度与其在纤毛虫纲中进化的水平密切相关。在原始的裸口目纤毛虫(Gymnostomata)胞口位于虫体的顶端或前端,胞咽很不发达,其中有支持作用的毛状体。庭口目(Vestibulifera)口区的表膜下陷,形成一个前庭(Vestibulum),前庭内只有来自表膜的简单纤毛,胞口位于前庭的底部,其后为胞咽。膜口目(Hymenostomata)纤毛虫,前庭底部延伸又形成了口前腔(buccal cavity),前庭及口前腔中不再是简单的纤毛,而是由纤毛联合形成小膜带或被动膜,例如四膜虫口前腔的右侧有一波动膜,左侧有三个小膜带(图2-35)。而草履虫由前庭向后延伸经口前腔再经胞口进入胞咽,共同形成一漏斗形结构。前庭及口前腔中也有波动膜。缘毛目(Peritrich)的纤毛虫,其体纤毛相当退化或完全消失,口纤毛却相当发达,并在虫体的顶端形成大的围口盘。由两圈纤毛带组成,由纤毛带的起始处进入一细长漏斗形的口前腔,再经胞口到胞咽,例如钟形虫,其内层的纤毛带旋转产生水流,外层的纤毛带做为一个滤食器,悬浮在水中的微小食物由两纤毛带之间进入口前腔中。旋毛目(Spirotricha)的纤毛虫具有高度发达的口旁纤毛列(adoral zone membranelle),它是由许多小膜带联合组成。例如喇叭虫在身体的顶端形成一个盘状纤毛列,游扑虫在围绕着口前腔形成一个三角形口旁纤毛列。以上各种不同结构的纤毛虫在取食时,都是由口区纤毛的摆动将食物颗粒送入前庭、口前腔,胞口再进入胞咽。食物在胞咽的末端形成食物泡,然后离开胞咽进入内质中。食物泡随内质的环流而流动,并同时进行食物的消化,食物泡先经过酸性再经过碱性的消化过程以后被吸收。并以糖元及脂肪的形式在内质中贮存,不能被消化的食物残渣由固定的肛点(cytopyge)排出体外。少数纤毛虫可以捕食,例如栉毛虫(Didinium),虫体的顶端突出形成吻,口位于吻的前端,当吻接触到草履虫或其他食物时,立刻用吻吸附着捕获物,再用口进行取食。又如自由生活的足吸管虫(Podophrya),成虫时体纤毛及口纤毛均消失,也没有胞口及胞咽,而形成了多个触手(tentacles),触手末端呈球形,内有粘液囊,当触手接触到食物时,粘液囊被排出附着在捕获物体表,再用触手吸食捕获物的体液,在吸食草履虫时,仅仅留下它的表膜,原生质全部被吸收。纤毛虫中也有极少数营共生的种类,例如车轮虫(Trichodi-na),它们在水螅(Hydra)或某些淡水鱼类的体表营共生,也有一些种类营寄生生活,例如可以在人体或猪结肠内寄生的肠袋虫(Balantidium),寄生于鱼鳃、皮肤、鳍等处的斜管虫(Chilodonella)等。