约10000种。一般具鞭毛，以鞭毛为运动器，鞭毛通常有1～4条或稍多，鞭毛内周缘部排列9条双联体微管、中央有2条中央微管。无性繁殖一般为纵二分裂，有性繁殖为配子结合或整个个体结合。在环境不良的条件下一般能形成包囊。根据营养方式的不同，可分为两个亚纲：植鞭亚纲Phytomastigina一般具有色素体能行光合作用，自由生活在淡水或海水中（自养），种类多，形状各异，如眼虫Euglena、盘藻Gonium、团藻Volvox、夜光虫Noctiluca（腰鞭毛虫类，可引发赤潮）、钟罩虫Dinobryon、尾窝虫Uroglena、合尾滴虫Synura。动鞭亚纲Zoomastigina无色素体，寄生、腐生或吞噬营养（异养），如利什曼原虫Leishmania（黑热病，白蛉子传播），锥虫Trypanosoma（昏睡病）、隐鞭虫Cryptobia（寄生于鱼鳃）、披发虫Ttrichonympha（共生于白蚁肠道，使其可以消化木材的纤维素）。点击更多