孢子虫纲全部是营寄生生活的动物,它广泛的寄生于从低等的多细胞动物到脊椎动物各类动物体内。一些种类表现出很强的寄主专一性,即一种孢子虫只能在一种寄主体内生活。生殖方式及生活史相当复杂,都有一个孢子形成期,孢子是其传播阶段。孢子虫类具有很强的繁殖能力。孢子虫纲一直被认为是亲缘关系很不清楚的一类,但生活史某个阶段的特征对了解其亲缘关系可能提供一些线索,例如一些孢子虫的小配子具有鞭毛,说明它们与鞭毛虫纲有某种亲缘关系;另一些孢子虫能进行变形运动,说明它们与肉足虫纲有亲缘关系。孢子虫纲所具有的孢子也曾在某些鞭毛虫及肉足纲中出现,因此孢子虫纲可能是异源性起源的一类,对孢子虫纲的分类也带来了困难,后来用电子显微镜的研究发现孢子虫纲中的孢子虫结构并不相同。一些种类的孢子虫及裂殖子具有一个顶复合器(apica complex);而另一些种类的孢子虫具有极囊(polar capsule),极囊内有极丝(polar filament)。因此1970年Levine提出了将孢子虫分为两类;一类为具有顶合器的,称顶合器纲(Apicalcomplexa),也就是我们现在讲的孢子虫纲(Sporozoa);另一类为具极囊的孢子虫,称为丝孢子虫纲(Cnidospora)。